Die Mitarbeitervertretung (MAV) wird von den Mitarbeiter*innen demokratisch gewählt. Bei seiner Tätigkeit orientiert sich das Gremium an der Mitarbeitervertretungsordnung (MAVO) der katholischen Kirche.

Diese Ordnung basiert auf einer gemeinschaftlichen Regelung von Arbeitsbedingungen. Dazu gehört die Bereitschaft von Dienstgebern und Mitarbeiter*innen, gemeinsam Verantwortung zu tragen und vertrauensvoll zusammen zu arbeiten. Die gewählte Mitarbeitervertretung des St. Joseph Krankenhauses füllt, gemäß ihres ehrenamtlichen Auftrags, diesen »dritten Weg« für die Mitarbeiter*innen mit Leben.

Die Mitarbeitervertretung besteht aus 13 Mitgliedern, die für vier Jahre gewählt sind. Zu ihren Aufgaben gehört die Beratung zu den Arbeitsvertragsrichtlinien des Deutschen Caritasverbandes, zu Gesetzen (u.a. Mutterschutz und Arbeitszeit), aber auch bei Problemen am Arbeitsplatz. Die Mitarbeit in verschiedenen Gremien spielt ebenfalls eine wichtige Rolle, etwa in der Küchenkommission, im betrieblichen Vorschlagswesen, im Ethischen Arbeitskreis, in den Ausschüssen für Arbeitssicherheit, Mitarbeiterveranstaltungen sowie im Sachausschuss Krankenhäuser der DiAG (Diözesane Arbeitsgemeinschaft) Berlin. Die Tätigkeit der Mitarbeitervertretung umfasst zudem den Abschluss von Dienstvereinbarungen und die Eingliederung ausländischer oder schwerbehinderter Mitarbeiter.